L'Eglise catholique assure une présence chrétienne dans de nombreux endroits du canton. Les aumôneries sont des entités oecuméniques où l'Eglise catholique collabore étroitement avec l'Eglise réformée (EREN).

L'aumônerie de prison couvre les principaux lieux carcéraux du canton. L'aumônerie de rue assure une présence et un lieu d'accueil au centre de Neuchâtel de nuit comme de jour. Enfin l'aumônerie des étudiants propose des parcours de foi et un accompagnement spirituel aux jeunes en formation.