Le 6 mai 1542, saint François Xavier débarque à Goa. Il y rencontre avec stupeur la communauté des chrétiens d'Inde, fruit de l'évangélisation de saint Thomas en ces lieux. La foi primitive et authentique généra ce qu'on appelle aujourd'hui l'Eglise syro-malabare et appartient à la tradition de rite chaldéen.

La basilique, de style baroque, commencée en 1595 suite à la venue du grand saint jésuite, est dédiée à l'Enfant Jésus. Elle accueille la relique du corps sacré de saint François Xavier dans un tombeau exécuté par un sculpteur florentin.